Naruto Shippuuden is een Japanse animeserie van de zender TV Tokyo. De serie ging in première op 15 februari 2007.
Naruto Shippuuden speelt zich af drie jaar na de laatste aflevering van Naruto. Sasuke en Orochimaru zijn nog steeds onvindbaar en Naruto heeft Konoha verlaten om 2 ½ jaar te trainen onder meester Jiraiya. Sakura is ondertussen in de leer gegaan bij Tsunade, een van de legendarische Sannins gekend om haar exceptionele vaardigheden als Medical Ninja, om ook een Medical Ninja te worden en zo meer te kunnen bijdragen aan het team. In dit verhaal staat de zoektocht naar Sasuke nog steeds centraal al komt er nog een nieuwe vijand bij: de Akatsuki. Deze organisatie, met als leider Pain, heeft als doel de "Bijuu" (letterlijk: beesten met staart) in handen te krijgen om ze als dodelijk wapen te gebruiken. Naruto staat ook op hun lijst, aangezien in hem de "Kyuubi" huist. In totaal zijn er 9 legendarische beesten die de Akatsuki onder controle wil krijgen.
Kakashi has a flashback back when he was assigned to be the sensei of Team 7. In a bid to know his students, Naruto, Sasuke & Sakura, better, Kakashi spies on them and to see how they would all get along as a group. Angered by Sakura's talk about calling Naruto a brat and that he has no family to tell him right or wrong, Sasuke tells Sakura she is annoying. Realizing Sakura's sadness, Naruto goes to battle Sasuke, but gets defeated. It then goes back to the present and Kakashi claims that it is up to him to stop Sasuke.