Veel fans van Wayward Pines rekenden niet op een tweede seizoen, maar FOX heeft vijf maanden na de seizoensfinale van Wayward Pines toch besloten om door te gaan met de dramaserie. Opmerkelijk, omdat het netwerk deze zomer nog riep dat het om een miniserie ging en de tiende aflevering aankondigde als de laatste aflevering van Wayward Pines. Het nieuwe seizoen is te zien in de zomer van 2016 en bestaat wederom uit tien afleveringen.

M. Night Shyamalan, bedenker van de serie, keert terug als uitvoerend producent. Chad Hodge, de showrunner van het eerste seizoen, keert niet terug voor de tweede reeks afleveringen. Mark Friedman, bekend als showrunner van Believe, neemt deze taak vanaf het tweede seizoen waar. Ook is het niet bekend of de cast terugkeert. Geruchten gaan dat het grootste gedeelte van de hoofdrolspelers niet terugkeert, omdat hun contracten al langere tijd zijn verlopen. Fox bevestigt noch ontkent dit.

Wayward Pines was afgelopen zomer te zien in zowel Amerika als Nederland. Er keken gemiddeld vier miljoen mensen naar de tien afleveringen.