The Penguins of Madagascar is een Amerikaanse animatieserie van de zender Nickelodeon. De serie ging in première op 28 november 2008.
The Penguins of Madagascar speelt zich af in Central Park Zoo en betrekt verschillende personages uit de film. De hoofdpersonen uit de film komen echter in de serie niet voor, omdat die (zoals te zien in Madagascar 2) nog in Afrika zitten.
De vier pinguïns Skipper, Kowalski, Junior en Rico beleven verschillende avonturen in Central Park Zoo en de stad New York samen met onder andere Koning Julien, Maurice en Mort. Ook komen de twee chimpansees Mason & Phil in de serie voor, terwijl ze in de film maar een kleine rol hadden. Er zijn ook nog andere dieren bijgekomen, o.a. Marlene de otter en Joey de kangoeroe. Verder is er ook nog een verzorgster: Alice.
Terwijl de pinguïns bezoekt met hem in zijn riool huis, Roger, de alligator vriend, dat hij haat hoeft te wonen, maar dat hij houdt zich in New York zo goed dat hij bereid is om het te verduren. De pinguïns al snel besluiten om te helpen Roger vinden van een betere plek om te wonen in de stad. Ze voor het eerst verstoppen Roger in een log in een nabijgelegen vijver, maar een dame ziet hem en schreeuwt. Ze proberen te verbergen hem als een tentoongesteld in een museum volgende, maar Roger blaast zijn cover door steeds "leven" bij een jongen steekt hem. Na deze, de pinguïns proberen te Roger verbergen op een dak als een waterspuwer, maar Roger, bang voor hoogtes, al snel valt in een openbaar zwembad hieronder. Doorheen dit alles, de pogingen om Roger te verplaatsen zijn tv-nieuws, in een segment genaamd "Gator Watch." Terwijl het proberen naast de mens te ontwijken, Roger gaat onbewust op een podium via achterdeur van een gebouw en wordt al snel gevangen genomen door dierlijke controle. De pinguïns vervolgens uit na het transport van Roger om hem te breken, maar zij dit niet doen voordat het voertuig aankomt op de plaats van bestemming: een zeer geschikt leefgebied in de Central Park Zoo.