Stargate: Atlantis

Sheppard keert terug via de Stargate naar Atlantis, na een missie om Teyla te vinden. Eenmaal aangekomen ontdekt hij dat Atlantis verlaten is, en dat de planeet een totale klimaatsverandering heeft ondergaan. Hij probeert via de radio contact te zoeken naar leven, en uiteindelijk hoort hij de stem van Rodney McKay. Tot Sheppards verbazing ziet hij dat Rodney McKay maar een hologram is. Hij vertelt Sheppard dat hij 48.000 jaar in de toekomst zit, doordat er een zonnevlam ontstond op het moment dat Sheppard de Stargate gebruikte en hij vertelt wat er gebeurd is na Sheppards verdwijning. In de tijd dat Sheppard was verdwenen ging Michael verder met zijn plan om de Wraith te vernietigen. Hij vond een manier om een leger te maken dat de sterkte heeft van de Wraith en niet de zwakte, de behoefte om zich te voeden aan mensen. Michael verspreidde zijn virus onder de mensen, zodat zij veranderen in Hybrids en zo het voedsel van de Wraith steeds schaarser werd. Atlantis probeerde Michael tegen te houden, maar helaas zonder succes. Teyla werd uiteindelijk wel gevonden, maar wel te laat. Ronon was nu zijn twee beste vrienden kwijt, en verliet Atlantis. Carter stierf uiteindelijk, doordat zij met haar schip werd vernietigd in een laatste poging de twee aanvallende Hive Ships van Michael uit te schakelen. Keller en Rodney McKay hielpen zoveel mensen als zij konden, maar gaven het uiteindelijk op doordat Atlantis totaal was veranderd door Richard Woolsey en vertrokken naar de Aarde. Na enige tijd stierf Keller aan lange blootstelling van Hoffman drugs, het virus wat Michael gebruikte. Rodney McKay had nu bijna alles verloren wat hem dierbaar was. Hij kon het niet meer aan en besteedde de rest van zijn leven aan het maken van een hologram, om zo Sheppard te helpen. Er was maar één persoon die hem geloofde met zijn verhaal over de zonnevlam, namelijk zijn zus. Samen maakten zij het hologram, en met succes. Rodney McKay bracht het hologram naar Atlantis, met toestemming van General Lorne. Het hologram van Rodney Mckay ontdekt dat de Zon inmiddels een rode reus is en in ongeveer 500 jaar zal exploderen. Maar juist omdat de Zon een rode reus is, komt er veel meer energie vrij. Hierdoor bedenken Sheppard en het hologram, dat het schild genoeg energie heeft om de atmosfeer te beschermen tegen de explosie. Wat ook wel nodig is, omdat Sheppard namelijk 700 jaar in stase moet, voordat hij terug kan reizen naar het verleden. Voordat Sheppard in stase gaat, geeft het hologram Sheppard de nodige informatie om Teyla te vinden. 700 jaar later keert Sheppard eindelijk terug naar het verleden, en vertelt hij zijn team waar ze Teyla kunnen vinden. Stom verbaasd vragen zij zich af hoe Sheppard aan die informatie komt. Sheppard en zijn team arriveren op de planeet waar Teyla zit, maar ontdekken dat zij er te vroeg zijn. Rodney Mckay vindt een kamer met apparatuur waar, nadat hij het aan de praat kreeg, het apparaat begon met aftellen. Majoor Lorne waarschuwde John Sheppard en op dat moment stort het hele gebouw in.